846 m. Carl Zeiss atidarė nedidelį tiksliųjų optinių instrumentų gamybos cechą Neugasse gatvėje 7 Jenoje.
1866 m. buvo parduotas 1000-asis mikroskopas. P. ErnstAbbe prisijungia prie J. Zeiss kompanijos ir moksliniais pagrindais sukūrė Zeiss mikroskopijos technologiją.
1884-1891: Jenoje įsteigiamas „Schott & Gemossen Glass Works“, Carlas Zeissas mirė 1888 m., įsteigiamas Carl Zeiss fondas.
1900 m., padedamas pono Augusto Köhlerio, mažos P. Zeiss dirbtuvės pradėjo plėstis visame pasaulyje ir taip pat padėjo tvirtą pagrindą fluorescencinei mikroskopijai.
1936 m., bendradarbiaujant su Fritsu Zernike, buvo pristatytas pirmasis fazinio kontrasto mikroskopas gyvų ląstelių analizei. P. Fritsas Zernike'as 1953 metais buvo apdovanotas Nobelio fizikos premija.
1949, Ekonominis stebuklas ir elektronikos amžius: perdavimo elektroninės mikroskopijos komercializavimas bendradarbiaujant su AEG korporacija.
1989 metais skaitmeninimo laipsnis vis aukštėjo, o mikroskopas tapo vaizdo apdorojimo darbo stotimi. Sparčiai vystoma programinė įranga ir skaitmeninis fotoaparatas išplėtė mikroskopo taikymo sritį.
2000 m. operacijų valdymo technologija padėjo vaizdo gavimo technologijai, o mikroskopas tapo automatizuota vaizdo rodymo sistema.
