Du mikroskopų naudojimo būdai:
Biologinis mikroskopas: Paprastai kalbant, mikroskopus galima suskirstyti į dvi kategorijas: stereomikroskopus ir biologinius mikroskopus. Dėl skirtingų tikslų ir reikalavimų atsirado daugybė šakų, tačiau pagrindiniai principai išlieka tie patys. Poliarizacija, fazės kontrastas, perdavimas ir krentanti šviesa vis dar klasifikuojami kaip biologiniai mikroskopai.
Stereoskopinis mikroskopas: dar žinomas kaip pjaustymo mikroskopas, kietas mikroskopas ir stereomikroskopas, jis yra mikroskopas, kuriame yra daug naudojimo būdų. Lengva valdyti, nereikia aukštų pavyzdžių standartų, turi ilgą darbo atstumą ir stebėjimo metu turi stiprų trijų dimensijų jausmą. Tai gali stebėti fizinius objektus ir atlikti kai kurias operacijas egzemplioriuose stebint. Skirtingai nuo biologinių mikroskopų, kuriems reikalingas bandinių pjaustymas, pjaustant reikia atitinkamų metodų ir įrangos. Todėl stereomikroskopai turi platų mikroelektronikos, tiksliųjų prietaisų surinkimo ir priežiūros, mikro drožybos ir kitų laukų naudojimą. Plačiai naudojamas biologijos ir medicinos srityse anatominėms operacijoms ir mikrochirurgijai (šiuo metu klasifikuojami kaip chirurginiai mikroskopai), jo šviesos šaltinis gali naudoti tik šaltų šviesos šaltinius (optinius pluoštus) biologijos ir medicinos srityse; Naudojamas pramonėje stebėjimui, surinkimui, tikrinimui ir kitam mažų komponentų ir integruotų grandinių darbui.
Metalografinis mikroskopas: daugelis žmonių mėgsta jį rašyti kaip „auksinį mikroskopą“. Metalografinis mikroskopas yra mikroskopas, specialiai naudojamas stebėti nepermatomų objektų, tokių kaip metalai ir mineralai, metalografinę struktūrą. Šių nepermatomų objektų negalima pastebėti įprastame perdavimo mikroskope, todėl pagrindinis skirtumas tarp jų yra tas, kad pirmasis naudoja atspindėtą šviesą, o antrasis apšvietimui naudoja perduodamą šviesą. Metalografiniame mikroskope apšvietimo pluoštas nukreiptas iš objektyvo objektyvo link stebimos objekto paviršiaus, atspindėtas objekto paviršiuje, o po to grąžinamas į objektyvą vaizdavimui. Šis atspindintis apšvietimo metodas taip pat plačiai naudojamas nustatant integruotas silicio plokšteles.
