Lazerinio skenavimo daugiafotoninės mikroskopijos pranašumai yra geresni
Lazerinis skenuojantis daugiafotoninis mikroskopas yra esminis optinės mikroskopijos patobulinimas, daugiausia dėl galimybės stebėti gyvų ir fiksuotų ląstelių ir audinių giluminę struktūrą bei gauti aiškias ir ryškias daugiasluoksnes Z plokštumos struktūras, ty optinius pjūvius, iš kurių galima sukonstruoti trimatę kietą bandinio struktūrą. Konfokalinėje mikroskopijoje naudojamas lazerinis šviesos šaltinis, kuris išplečiamas, kad užpildytų visą objektyvo lęšio užpakalinę židinio plokštumą, o tada praeina per objektyvo lęšio lęšių sistemą ir susilieja į labai mažas dėmeles bandinio židinio plokštumoje. Priklausomai nuo objektyvo objektyvo skaitmeninės diafragmos, ryškaus apšvietimo taško skersmuo yra apie 0,25 ~ 0,8 μm, o gylis yra apie 0,5 ~ 1,5 μm. Konfokalinio taško dydis priklauso nuo mikroskopo konstrukcijos, lazerio bangos ilgio, objektyvo charakteristikų, nuskaitymo įrenginio būsenos nustatymo ir mėginio pobūdžio. Lauko mikroskopai turi didelį apšvietimo diapazoną ir apšvietimo gylį, o konfokaliniai mikroskopai sutelkia apšvietimą į vieną židinio tašką židinio plokštumoje. Pagrindinis konfokalinio mikroskopo privalumas yra galimybė padaryti plonas optines pjūvius iš storų fluorescencinių mėginių (iki 50 μm ar daugiau), kurių pjūvių storis yra apie 0,5–1,5 μm. Optinių pjūvių vaizdų seriją galima gauti judinant bandinį aukštyn ir žemyn naudojant mikroskopo Z ašies žingsninį variklį. Vaizdo informacijos gavimas yra valdomas pirmoje plokštumoje ir jam netrukdo signalai, skleidžiami iš kitų bandinio vietų. Pašalinus fono fluorescencijos poveikį ir padidinus signalo ir triukšmo santykį, konfokalinio vaizdo kontrastas ir skiriamoji geba žymiai pagerėja, palyginti su įprastiniais lauko apšviestais fluorescenciniais vaizdais. Daugelyje egzempliorių daugelis sudėtingų konstrukcinių komponentų susipina, kad sudarytų sudėtingas sistemas, tačiau kai tik gaunama pakankamai optinių sekcijų, galime jas atkurti trimis matmenimis naudodami programinę įrangą. Šis eksperimentinis metodas buvo plačiai naudojamas biologiniuose tyrimuose, siekiant išsiaiškinti sudėtingus struktūrinius ir funkcinius ryšius tarp ląstelių ar audinių.
