Fluorescenciniai mikroskopai gali būti suskirstyti į du tipus pagal optinio kelio principą:
1. Transmisijos fluorescencijos mikroskopas
Senesni fluorescenciniai mikroskopai naudoja prožektorių, kad sužadintų fluorescenciją, perduodant sužadinimo šviesos šaltinį per bandinio medžiagą. Jo pranašumas yra stipri fluorescencija esant mažam padidinimui, tačiau jo trūkumas yra tas, kad jos fluorescencija mažėja didėjant padidinimui. Taigi jis tinka tik stebint didesnes pavyzdžių medžiagas.
2. Krentantis šviesos fluorescencinis mikroskopas
Sužadinimo lemputė krinta žemyn nuo objektyvojo objektyvo ant bandinio paviršiaus, naudojant tą patį objektyvą kaip ir apšvietimo kondensatorius ir objektyvą, skirtą fluorescencijai rinkti.
Prie optinio kelio reikia pridėti dvigubą spalvų pluošto skirstytuvą (dichroic veidrodį), kuris sudaro 45 laipsnių kampą su optine ašimi. Sužadinimo lemputė atsispindi objektyvu objektyvu ir daugiausia dėmesio skiria mėginiui. Mėginio sukuriama fluorescencija, taip pat sužadinimo lemputė, atsispindi iš objektyvaus objektyvo paviršiaus ir dangtelio stiklo, tuo pačiu metu įveskite objektyvą ir grįžtame prie dvigubos spalvos pluošto skirstytuvo, kad atskirtų sužadinimo šviesą ir fluorescenciją. Tada likusį sužadinimo lemputę blokuoja filtro absorbcija. Jei naudojami skirtingi sužadinimo filtrų deriniai, dvigubų spalvų pluošto separatoriai ir blokuojantys filtrai, jie gali patenkinti skirtingų fluorescencinių reakcijų produktų poreikius.
Šio fluorescencinio mikroskopo pranašumai yra vienodas lauko apšvietimas, aiškus vaizdas ir stipresnė fluorescencija, didesniam padidinimui.
3. Fazių kontrasto mikroskopas
Fazių kontrasto mikroskopas yra mikroskopas, galintis konvertuoti fazių skirtumą (arba optinio kelio skirtumą), sugeneruotą, kai šviesa pereina per objektą į amplitudę (šviesos intensyvumą) keičiasi. Daugiausia naudojama gyvų ląstelių stebėjimui, neišnykusiems audinių pjūviams ar nudažytiems bandiniams, neturintiems kontrasto.
Žmogaus akis gali atskirti tik bangos ilgio (spalvos) ir matomos šviesos amplitudės pokyčius, tačiau negali atskirti fazės pokyčių. Daugelis biologinių egzempliorių yra labai skaidrūs, o šviesos bangų amplitudė iš esmės nesikeičia praėjus pro šalį, tik keičiant fazes.
Fazės kontrasto mikroskopas iš esmės paverčia matomos šviesos optinio kelio skirtumą, einantį per bandinį į amplitudės skirtumą, taip pagerindamas kontrastą tarp įvairių struktūrų ir padarydamas jas aiškias bei matomus. Pravažiavusi mėginį, šviesa patiria refrakciją, nukrypsta nuo pradinio optinio kelio ir atidėta 1/4 λ (bangos ilgis). Jei optinio kelio skirtumas padidėja arba sumažėja dar 1/4 λ, optinio kelio skirtumas tampa 1/2 λ, o trikdžiai tarp dviejų šviesos pluoštų padidėja arba sumažėja po to, kai ašis sujungia, pagerina kontrastą.
